La nouvelle organisation sanitaire française fait suite aux États généraux du sanitaire du printemps 2010. Les missions confiées aux vétérinaires par l'État dans le domaine de la santé publique vétérinaire sont désormais réparties entre, d’une part, celles relevant du vétérinaire sanitaire (c’est-à- dire le vétérinaire titulaire d’une habilitation sanitaire) qui intervient au nom et pour le compte de l'éleveur et, d’autre part, celles relevant du vétérinaire mandaté qui intervient au nom et sous la responsabilité de l'État.
Aux côtés des éleveurs, les vétérinaires occupent une place essentielle dans le dispositif de sécurité sanitaire, notamment en matière de surveillance, de prévention ou de lutte contre les maladies animales réglementées. Toutes les missions du vétérinaire sanitaire étaient jusqu’alors portées par un seul dispositif, le mandat sanitaire. Les États généraux du sanitaire, réunis au printemps 2010, ont conclu à la nécessité de clarifier le rôle, les missions et les responsabilités du vétérinaire pour les missions répondant à des obligations réglementaires qu’ils effectuent.
Le nouveau dispositif distingue désormais clairement deux statuts pour les vétérinaires qui exercent des missions réglementées :
Le vétérinaire qui souhaite obtenir une habilitation sanitaire en fait la demande auprès de la Direction départementale en charge de la protection des populations (DDecPP) du département au sein duquel il a établi son domicile professionnel administratif. Cette DDecPP, agissant comme guichet unique, est en chargée de rédiger l'acte administratif qui matérialise l'habilitation et d’informer les préfets des départements pour lesquels le vétérinaire a déclaré vouloir exercer ses missions de vétérinaire sanitaire. C'est par elle que transiteront par la suite toutes les informations « administratives » liées à son habilitation et au suivi de sa formation continue.
Sauf pour les filières d'intérêt particulier (génétique, ponte d'œufs de consommation et aquacole) définies par arrêté ministériel, le nombre de départements d'exercice est limité à cinq sur l'ensemble du territoire français. Les départements doivent être limitrophes entre eux autour de chaque département comprenant un domicile professionnel d'exercice du vétérinaire.
L'obligation d'une formation initiale appelée « formation préalable à l'obtention d'une habilitation sanitaire » sera demandée pour tout nouveau vétérinaire non-titulaire d'une habilitation sanitaire à la date d’entrée en vigueur de l'arrêté relatif aux obligations de formation préalable à l'obtention de l'habilitation sanitaire.
La liste des vétérinaires sanitaires en activité au sein de chaque département devra être consultable sur le site internet de la préfecture. Cette liste mentionne l'activité du vétérinaire et les espèces concernées.
Les missions confiées au vétérinaire sanitaire sont définies à l'article L. 203-1 du code rural et de la pêche maritime et sont précisées par des dispositions réglementaires spécifiques. Citons par exemple : la réalisation des campagnes de prophylaxies réglementées, la conduite des visites sanitaires obligatoires en élevage, la vaccination contre la rage et sa certification, les visites d’animaux mordeurs/griffeurs, la surveillance sanitaire des expositions de vente d'animaux ou de présentation au public ou encore la surveillance sanitaire des établissements d’insémination artificielle.Les vétérinaires titulaires d’un mandat sanitaire au 23 juillet 2011 – autrement dit, à la date de publication de l’ordonnance n°2011-863 du 22 juillet 2011 relative à la modernisation des missions des vétérinaires titulaires d’un mandat sanitaire –, sont réputés détenir l’habilitation. L’obligation de formation préalable ne leur est ainsi pas opposable.
Lorsque l'État a besoin de faire réaliser certaines missions par des vétérinaires dans les domaines de :
le préfet de département effectue un appel à candidatures (journal d'annonces légales et site internet de la préfecture) qui expose les missions et les modalités de réalisation de ces missions ainsi que les compétences requises pour les vétérinaires qui souhaiteraient postuler suite à la demande.
Le préfet peut rencontrer ensuite les candidats. Il arrête ensuite le choix du ou des vétérinaires mandatés et signe avec eux une convention de mandatement pour une durée de cinq années. Cette convention établit, à l'instar d'un contrat, les droits et devoirs de chacune des parties intéressées.
Le mandat « Police sanitaire » est différent des autres mandats. Il peut être attribué selon trois modalités :
Ainsi, ce nouveau dispositif permet de clarifier le cadre de l'intervention du vétérinaire en élevage et ouvre la possibilité à l'État de mobiliser les vétérinaires mandatés pour de nouvelles missions en protection animale ou en sécurité sanitaire de l'alimentation.