Génomique

La génomique étudie les génomes dans leur ensemble : séquences d’ADN, gènes, éléments régulateurs, organisation chromosomique, variations et interactions fonctionnelles. Elle se distingue d’une analyse centrée sur un seul gène par son échelle globale et par l’intégration de grandes quantités de données de séquençage et d’annotation.

Approches principales

La génomique structurale décrit l’assemblage et l’organisation du génome. La génomique fonctionnelle relie les séquences à l’expression, aux interactions et aux phénotypes, souvent en combinaison avec la transcriptomique ou l’épigénomique. La génomique comparative confronte des espèces ou des populations pour étudier l’évolution, les duplications, les pertes de gènes et les régions conservées.

En santé des poissons, ces méthodes peuvent caractériser un agent infectieux, rechercher des variants associés à une résistance ou suivre la diversité d’une population. En aquaculture, elles contribuent à la sélection, à la traçabilité et à l’étude des réponses aux conditions d’élevage. Une association génomique ne démontre toutefois pas, à elle seule, un mécanisme causal.

La génétique couvre plus largement l’hérédité et les effets des gènes. La métagénomique applique une approche globale à l’ADN provenant d’une communauté d’organismes, souvent sans isoler chaque espèce au préalable.