Définition:
Au terme du décret du 27 février 1987, elle est placée dans les attributions du Ministre de l'Environnement et est composée des représentants des ministères exerçant des responsabilités en matière d'eau. Cette mission examine les programmes d'équipement, la répartition des ressources et des moyens et spécialement les crédits au budget de différents ministères intéressés. Elle examine également tous les projets de lois, décrets, arrêtés réglementaires, instructions et circulaires portant sur les problèmes de l'eau élaborés par les ministères concernés. La mission interministérielle examine de même les projets d'instruction, adressés par le Ministre de l'environnement aux organismes de coordination et aux Agences de l'Eau. La MIE a examiné les 6 SDAGE métropolitains le 9 mai 1996.