Microbiote
Un microbiote est l’ensemble des microorganismes vivants présents dans un environnement défini, par exemple la peau, les branchies, l’intestin, l’eau ou un biofiltre. Il comprend plusieurs groupes microbiens et varie selon l’hôte, le milieu et le temps. Sa présence ne signifie pas qu’une maladie est en cours : la plupart de ses membres ne sont pas pathogènes.
Composition et fonctions
Le microbiote peut inclure des bactéries, des archées, des champignons et des protistes microscopiques. Le terme se distingue du microbiome, qui peut englober la communauté, ses gènes, ses produits et son environnement d’activité. Chez les poissons, les communautés associées aux muqueuses participent notamment aux échanges métaboliques, à l’occupation des niches et aux interactions avec les défenses de l’hôte. Ces fonctions ne sont toutefois pas identiques chez toutes les espèces ni dans tous les organes.
Étude et interprétation
La culture microbiologique n’observe qu’une partie des microorganismes. Le séquençage de marqueurs ou des métagénomes décrit plus largement la composition et le potentiel génétique, mais ne démontre pas à lui seul l’activité d’un microbe ni un lien causal avec une maladie. Une différence de microbiote entre groupes constitue donc d’abord une association à confirmer expérimentalement.
Un déséquilibre communautaire est parfois qualifié de dysbiose. Ce terme doit être relié à des critères explicites : variation de composition, perte de fonctions, instabilité ou association avec un état clinique. Détecter un taxon potentiellement pathogène ne suffit pas à diagnostiquer une bactériose, et un biofilm peut héberger une communauté distincte de celle de l’animal.
Références
- Berg G, Rybakova D, Fischer D, et al. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges. Microbiome. 2020;8:103. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00875-0