Bactérie

Une bactérie est un organisme cellulaire appartenant au domaine Bacteria. Sa cellule est procaryote : son matériel génétique n’est pas enfermé dans un noyau délimité par une membrane. Les bactéries présentent une très grande diversité de formes, de métabolismes et d’habitats. Dans les systèmes aquatiques, elles participent aux cycles biogéochimiques, vivent avec les organismes ou dans les biofilms, et seules certaines provoquent des maladies.

Organisation et diversité

La cellule bactérienne possède une membrane plasmique, des ribosomes et un chromosome localisé dans un nucléoïde. De nombreuses espèces ont une paroi, mais sa composition et les enveloppes externes varient. Le génome n’est pas nécessairement limité à une unique molécule circulaire : des chromosomes linéaires ou multiples et des plasmides existent. La multiplication se fait le plus souvent par division cellulaire, tandis que des gènes peuvent aussi circuler entre lignées par transfert horizontal.

Le terme procaryote décrit un type d’organisation cellulaire et regroupe deux domaines distincts, Bacteria et Archaea. Une archée n’est donc pas une bactérie. De même, les anciennes « algues bleues » sont des cyanobactéries, non des algues eucaryotes.

Rôles dans les systèmes aquatiques

Certaines bactéries minéralisent la matière organique, oxydent l’ammonium ou le nitrite, réduisent le nitrate ou participent au microbiote des animaux. Elles peuvent vivre libres, associées à des particules ou dans un biofilm. Une détection moléculaire signale la présence d’un matériel génétique, mais ne démontre pas toujours que les cellules sont vivantes, abondantes ou responsables d’une lésion.

Une bactériose ne se déduit pas de la seule présence d’une bactérie. Une espèce peut comporter des souches commensales, opportunistes ou pathogènes dont les facteurs de virulence diffèrent. L’agent, les tissus atteints, les lésions, la réponse de l’hôte et le contexte épidémiologique forment un faisceau concordant pour attribuer la maladie.