Microbiome

Un microbiome est un microécosystème défini par une communauté microbienne, ses éléments génétiques, ses produits et les conditions du milieu où elle agit. Il peut être associé à un poisson, à un organe, à l’eau, au sédiment ou à un biofiltre. Le terme dépasse donc la seule liste des microorganismes vivants, appelée microbiote.

Périmètre du concept

Le microbiote désigne les microorganismes vivants d’un habitat. Le microbiome inclut cette communauté, mais aussi son « théâtre d’activité » : molécules produites, éléments génétiques mobiles, interactions et caractéristiques physico-chimiques du milieu. Selon les auteurs, le mot est parfois employé dans un sens plus étroit, proche de l’ensemble des génomes microbiens ; une étude doit donc expliciter sa définition opérationnelle.

Chez les poissons, on distingue notamment les microbiomes intestinaux, cutanés et branchiaux. Leur composition dépend de l’espèce, du stade, de l’alimentation, de l’eau, de la saison et des pratiques d’élevage. Un biofilm ou l’eau du système possède également son propre microbiome et peut échanger des microorganismes avec l’animal.

Étude et interprétation

Les profils d’amplicons décrivent surtout la composition taxonomique ciblée. La métagénomique renseigne sur le potentiel génétique, tandis que les approches transcriptomiques, protéomiques ou métabolomiques explorent différentes dimensions de l’activité. Aucune méthode ne donne seule une représentation exhaustive.

Une association entre un profil microbien et un état sanitaire, parfois interprétée comme une dysbiose, ne démontre pas une causalité. Échantillonnage, conservation, extraction, amorces, profondeur de séquençage, bases de référence et analyses bioinformatiques peuvent modifier le résultat. La détection d’une bactérie potentiellement pathogène ne constitue pas, à elle seule, un diagnostic.

Références

• Berg G, Rybakova D, Fischer D, et al. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges. Microbiome. 2020;8:103. https://doi.org/10.1186/s40168-020-00875-0
• Llewellyn MS, Boutin S, Hoseinifar SH, Derome N. Teleost microbiomes: the state of the art in their characterization, manipulation and importance in aquaculture and fisheries. Frontiers in Microbiology. 2014;5:207. https://doi.org/10.3389/fmicb.2014.00207