Amplicon

Un amplicon est une molécule d’acide nucléique produite par amplification d’une séquence cible. En pratique, le mot désigne le fragment d’ADN délimité par les amorces d’une réaction de polymérisation en chaîne (PCR), ou son équivalent obtenu après transcription inverse d’un ARN. Sa présence indique qu’un produit a été amplifié, mais ne suffit pas à démontrer seule l’identité biologique de la cible.

Formation et caractérisation

La longueur et la séquence attendues de l’amplicon dépendent de la position des amorces sur la matrice. Une amplification peut aussi engendrer des produits non spécifiques, des dimères d’amorces ou des variants issus d’erreurs de polymérase. La taille sur gel, la courbe de fusion, une sonde spécifique ou le séquençage apportent donc des niveaux de confirmation différents.

En PCR quantitative, l’accumulation d’amplicons est suivie par fluorescence au cours des cycles. Le signal dépend de l’efficacité de la réaction et du système de détection ; il ne correspond pas directement à un comptage absolu sans étalonnage ou modèle approprié. En PCR multiplex, plusieurs couples d’amorces produisent des amplicons distincts dans un même tube, ce qui accroît les risques de compétition et d’amplification croisée.

Séquençage d’amplicons

Le séquençage ciblé d’amplicons est utilisé pour identifier des agents, caractériser des variants ou profiler des communautés à partir de marqueurs comme l’ARN ribosomique 16S. Les lectures doivent être filtrées et corrigées des erreurs ; une variante de séquence d’amplicon est une séquence inférée après ce traitement, et non l’amplicon physique initial. La contamination croisée est particulièrement critique, car les produits déjà amplifiés sont très abondants et peuvent contaminer des réactions ultérieures.