Définition:
Un écosystème est constitué par l'association dynamique de deux composantes en constante interaction :
- Le biotope : un environnement physico-chimique, géologique, climatique ayant une dimension spatio-temporelle définie,
- La biocénose : un ensemble d'êtres vivants caractéristiques.
L'écosystème est une unité fonctionnelle de base en écologie qui évolue en permanence de manière autonome au travers des flux d'énergie.
L'écosystème aquatique est généralement décrit par : les êtres vivants qui en font partie, la nature du lit, des berges, les caractéristiques du bassin versant, le régime hydraulique, la physicochimie de l'eau... et les interrelations qui lient ces différents éléments entre eux.