Résistome

Le résistome est l’ensemble des déterminants génétiques de résistance aux antimicrobiens présents ou potentiellement mobilisables dans un organisme, une communauté ou un environnement. Le terme dépasse les seuls agents pathogènes : des microorganismes commensaux et environnementaux possèdent aussi de tels déterminants. Ce répertoire ne démontre cependant ni leur expression, ni leur transfert, ni une résistance clinique chez un animal donné.

Un ensemble de déterminants, pas un gène unique

Le périmètre dépend du sens retenu et de la méthode d’étude. Il peut inclure des résistances intrinsèques, des déterminants acquis et des mutations associées à une modification de sensibilité. La littérature fondatrice sur le résistome des bactéries du sol souligne que des réservoirs environnementaux précèdent et dépassent les résistances observées en médecine.

Certains déterminants peuvent être associés à des éléments génétiques mobiles. Cette association ne rend pas chaque gène transmissible à toute bactérie : la présence d’un élément, son contexte génétique et l’observation d’un transfert constituent des niveaux de preuve distincts.

Un gène de résistance est un constituant possible du résistome, pas un synonyme de cet ensemble. De même, l’antibiorésistance décrit un phénomène fonctionnel qui peut être observé chez une souche, tandis que le résistome vise le répertoire génétique considéré à une échelle définie.

Lecture des données environnementales

La métagénomique recherche des séquences dans un échantillon sans nécessiter la culture de tous les microorganismes. Une annotation dépend toutefois de la base de référence et de la similarité retenue. Une séquence partielle, une fonction apparentée ou un déterminant silencieux ne prouvent pas une résistance exprimée.

Dans un système aquacole, l’eau, les sédiments, les biofilms et les microbiotes des animaux représentent des compartiments différents. Leurs profils ne sont pas directement comparables sans tenir compte de l’échantillonnage et de la manière d’exprimer l’abondance.

La détection d’un même déterminant dans plusieurs compartiments suggère une circulation possible, mais ne suffit pas à en établir le sens ou la cause. Les observations génétiques, microbiologiques et phénotypiques se complètent. Un inventaire environnemental ne remplace donc pas l’interprétation de la sensibilité d’un agent impliqué dans une infection.