Résistome

Le résistome est l’ensemble des gènes et mécanismes génétiques susceptibles de conférer une résistance aux antimicrobiens dans un organisme, une communauté ou un environnement. Il inclut les déterminants présents chez les agents pathogènes, les bactéries commensales et les microorganismes environnementaux, même lorsqu’ils ne sont pas exprimés.

Composition

Le résistome comprend des gènes de résistance acquis, des mutations, des éléments intrinsèques et des précurseurs pouvant évoluer ou être mobilisés. Des plasmides, intégrons et transposons facilitent le transfert de certains déterminants entre bactéries. Le terme ne signifie pas que chaque gène est transmissible ni qu’il produit un phénotype clinique.

La métagénomique permet de rechercher des séquences de résistance sans cultiver les microorganismes. Elle détecte toutefois aussi des gènes incomplets ou silencieux. La culture, l’antibiogramme, l’analyse du contexte génétique et les méthodes fonctionnelles apportent des informations complémentaires.

Dans un milieu aquacole, l’étude peut porter sur l’eau, les sédiments, les biofilms, les aliments et le microbiote des animaux. Elle aide à suivre les réservoirs et les voies de circulation de l’antibiorésistance, sans établir à elle seule qu’un transfert vers un agent pathogène s’est produit.