Souche

Le mot souche possède plusieurs sens biologiques. En botanique, il désigne une partie basale persistante d’une plante, associée à ses racines et parfois à des organes souterrains. En génétique, en aquaculture ou en microbiologie, il désigne un ensemble d’organismes distingué au sein d’une espèce. Le sens dépend donc du contexte : structure végétale persistante ou population différenciée au sein d’une espèce.

Le sens botanique

La souche d’un arbre est la base du tronc qui subsiste avec les racines après la coupe. Chez des plantes vivaces, le terme décrit plus largement une partie persistante à partir de laquelle des pousses peuvent repartir. Il ne constitue pas un synonyme général de racine : la base des tiges et les bourgeons participent à cette organisation.

Les qualificatifs employés dans une description botanique précisent sa forme et sa disposition. Une souche peut notamment être ligneuse ou associée à un rhizome. Dans un milieu humide ou aquatique, reconnaître l’organe concerné évite de confondre une partie végétative avec une unité de diversité génétique.

Souches en aquaculture

La FAO définit une souche aquacole comme un type d’élevage présentant des caractères d’aspect, de comportement ou d’autres propriétés qui le distinguent au sein de son espèce et peuvent être maintenus par propagation. La distinction recherchée est donc reproductible ; une simple différence observée entre deux lots ne suffit pas à établir deux souches.

Cette notion n’implique pas que tous les individus aient un génome identique. Elle se distingue aussi du stock sauvage et de catégories d’élevage qui ne se reproduisent pas à l’identique. La FAO souligne l’absence de critères de dénomination uniformes pour de nombreuses espèces aquatiques : l’origine et les caractères distinctifs d’une souche apportent davantage d’information que son seul nom.

Usage microbiologique

En microbiologie, une souche regroupe des microorganismes partageant des caractères hérités d’une origine commune. Les critères de distinction dépendent du groupe étudié et du cadre de caractérisation. Le terme ne correspond donc pas à un rang taxonomique universel applicable de la même façon aux bactéries, aux poissons et aux plantes.

Enfin, « cellule souche » est une expression différente : elle qualifie la capacité de renouvellement et de différenciation d’une cellule, et non une population d’élevage.