Souche

En botanique, la souche est la partie basale, généralement pérenne, d’une plante à partir de laquelle de nouvelles pousses peuvent se développer. Le mot possède aussi un sens génétique : une souche est une population maintenue et distinguée d’autres populations de la même espèce par son origine ou par des caractères stables. Ces deux acceptions ne doivent pas être confondues.

Partie pérenne d’une plante

La souche comprend la base de la tige et peut être associée aux racines, rhizomes ou bourgeons proches du sol. Chez une plante vivace dont les parties aériennes disparaissent à une saison défavorable, elle conserve les tissus capables de produire de nouvelles tiges. Sa forme varie fortement : elle peut être courte et ligneuse, rampante, cespiteuse ou reliée à des organes souterrains de réserve.

Dans les milieux aquatiques et humides, la reprise peut partir de bourgeons basaux, de rhizomes ou de fragments. La souche n’est donc ni un type unique d’organe ni un synonyme de racine. Elle décrit surtout une position et une fonction de persistance et de régénération végétative.

Sens génétique et microbiologique

Pour un organisme élevé ou cultivé, une souche correspond à un ensemble ayant une histoire de reproduction ou d’isolement commune et des caractères qui le distinguent à un niveau inférieur à l’espèce. En aquaculture, la FAO emploie ce sens pour un type d’élevage maintenable par propagation. Une souche de poisson n’est pas nécessairement génétiquement uniforme ; dérive, sélection, croisements et effectif reproducteur peuvent la faire évoluer.

En microbiologie et en virologie, une souche désigne une lignée ou un isolat caractérisé dans un cadre expérimental ou épidémiologique. Le critère de distinction dépend alors de marqueurs génétiques, phénotypiques ou antigéniques propres au groupe étudié.