Ammonification

L’ammonification est la transformation de l’azote organique en ammoniac et en ammonium, principalement sous l’action de microorganismes. Elle constitue une étape de minéralisation du cycle de l’azote. Dans un milieu aquatique, elle concerne notamment la dégradation des restes d’organismes, des aliments non consommés et des excréments ; elle ne désigne pas l’ensemble des transformations de l’azote.

Des réactions différentes selon le substrat

La dégradation des protéines libère notamment des acides aminés, dont la désamination peut produire de l’ammoniac. D’autres composés suivent des voies différentes : l’urée peut être hydrolysée par une uréase. Il serait donc inexact de décrire tous les substrats comme subissant successivement la même hydrolyse et la même désamination.

Dans l’eau, le produit ammoniacal se répartit entre NH₃ et ammonium selon les conditions chimiques du milieu. Cette répartition ne constitue pas une nouvelle minéralisation : elle correspond à l’équilibre entre deux formes de l’azote déjà libéré.

L’activité des microorganismes et l’accessibilité du substrat influencent la vitesse de production. La température et les conditions d’oxygénation interviennent également. L’ammonification peut se produire dans des environnements oxygénés comme dans des zones dépourvues d’oxygène ; cela ne signifie pas que les communautés et les réactions associées sont identiques.

Place dans le cycle de l’azote

L’ammonification remet de l’azote organique sous une forme minérale utilisable par d’autres organismes. Elle est distincte de la nitrification, qui oxyde ensuite l’ammoniac et l’ammonium, et de la réduction dissimilatrice du nitrate en ammonium, dont le substrat de départ est du nitrate plutôt que de l’azote organique.

Dans un bassin ou un sédiment, la concentration mesurée résulte de productions et de consommations simultanées. Une forte ammonification peut être masquée par une assimilation ou une oxydation rapide. À l’inverse, une accumulation ammoniacale ne prouve pas à elle seule une accélération de l’ammonification : les voies de consommation ou les sorties peuvent avoir diminué. Le processus doit donc être interprété avec les autres composantes du cycle de l’azote.