Inhibition de la PCR
L’inhibition de la PCR est la réduction ou le blocage de l’amplification d’un acide nucléique par des substances présentes dans l’échantillon ou introduites pendant son extraction. Elle peut retarder le signal, diminuer l’efficacité de réaction ou produire un faux résultat négatif malgré la présence de la cible.
Origine et mécanismes
Les inhibiteurs varient avec la matrice : hème dans le sang, mélanine dans la peau, polysaccharides et sels dans les tissus ou les fèces, acides humiques dans l’eau et les sédiments, ou résidus de réactifs d’extraction. Ils peuvent se lier à l’ADN, réduire l’activité de la polymérase, modifier la disponibilité du magnésium ou perturber la fluorescence mesurée en PCR quantitative.
Une quantité excessive d’acide nucléique ou de matrice peut elle-même diminuer les performances. Dans une PCR multiplex, les cibles peuvent aussi présenter des sensibilités différentes à une même inhibition.
Détection et correction
Un contrôle interne d’amplification ajouté au prélèvement ou à l’extrait révèle qu’une réaction négative n’a pas fonctionné normalement. Le décalage du cycle de quantification par rapport à un témoin non inhibé fournit une estimation de l’effet, sans toujours identifier la substance responsable.
La purification supplémentaire, la dilution de l’extrait, le changement de polymérase ou de tampon et l’ajout de certains facilitateurs peuvent restaurer l’amplification. La dilution diminue cependant aussi la quantité de cible et peut aggraver le risque de non-détection à faible charge.
En diagnostic moléculaire, l’inhibition modifie la sensibilité effective et peut sous-estimer la prévalence apparente si elle n’est ni contrôlée ni consignée.
