Microbiome aquatique
Le microbiome aquatique désigne l’ensemble des microorganismes, de leurs gènes et de leurs fonctions dans un environnement aquatique défini. Il peut concerner l’eau, les sédiments, un biofilm, un filtre biologique ou les surfaces associées aux animaux.
Étude et interprétation
La composition varie avec la température, la salinité, les nutriments, l’oxygène, les traitements et les échanges d’eau. Le séquençage d’amplicons décrit surtout la structure taxonomique relative ; la métagénomique et d’autres approches renseignent davantage le potentiel fonctionnel. Extraction, amorces et bases de référence introduisent des biais.
Le microbiome ne se réduit pas à une liste de bactéries ni à un classement simple « bénéfique/pathogène ». Une association avec la santé ou la qualité de l’eau doit être confirmée par des mesures fonctionnelles et un plan d’étude adapté. Les comparaisons exigent des prélèvements et analyses standardisés.
