Microbiote intestinal
Le microbiote intestinal est la communauté de microorganismes présente dans la lumière et sur la muqueuse du tube digestif. Chez les poissons, sa composition dépend de l’espèce, du stade, du régime, de l’eau, de la saison, des traitements et de la méthode de prélèvement.
Fonctions et limites
Ces microorganismes peuvent participer à la digestion, produire des métabolites, interagir avec l’immunité et limiter ou favoriser l’installation d’autres microbes. Le microbiote observé dans le contenu intestinal n’est pas nécessairement identique à celui associé à la muqueuse.
Une variation de composition ne prouve pas une cause de maladie ou de croissance. Les analyses doivent distinguer abondance relative, quantité totale et fonction. Les effets d’un probiotique sont évalués souche par souche et ne se déduisent pas de la seule présence d’un genre bactérien.