Microfaune

La microfaune rassemble, par convention pratique, les organismes animaux ou historiquement considérés comme tels qui ne sont observables et identifiables qu’avec un fort grossissement. Dans les milieux aquatiques, le terme peut inclure des protistes hétérotrophes et de très petits métazoaires, mais son périmètre dépend du compartiment étudié et de la méthode d’échantillonnage.

Une catégorie fonctionnelle, non taxonomique

La microfaune peut vivre dans la colonne d’eau, le périphyton, les biofilms ou les interstices du sédiment. Ciliés, amibes, rotifères et petits nématodes en sont des exemples selon les usages. Ces organismes consomment notamment bactéries, microalgues et matière organique, puis transfèrent une partie de cette production vers le zooplancton, les invertébrés et les jeunes poissons.

Il n’existe pas de limite de taille universelle. En écologie benthique, les fractions sont souvent définies par les mailles de tamis utilisées ; la meiofaune désigne alors fréquemment les petits métazoaires retenus entre une maille supérieure et une maille inférieure données. Les dimensions de maille, le grossissement, le milieu et les groupes inclus déterminent donc quels organismes sont comptés. « Microfaune », « meiofaune » et « microorganismes » ne sont pas des synonymes exacts.