Souche de base

Une souche de base est la population de départ à partir de laquelle une souche d’élevage ou un programme de sélection est constitué. Elle réunit les fondateurs et la diversité génétique transmise aux générations suivantes. Sa composition influence durablement la consanguinité, la réponse à la sélection et la capacité d’adaptation du cheptel aquacole.

Origine des fondateurs

La population de base peut provenir d’une seule population sauvage, de plusieurs origines géographiques, de souches déjà domestiquées ou d’un croisement planifié. Le nombre d’individus présents ne suffit pas à décrire sa diversité : un fort déséquilibre entre familles ou entre sexes réduit le nombre de reproducteurs qui contribuent réellement à la génération suivante.

Avant la sélection, les fondateurs peuvent être caractérisés par leur origine, leur statut sanitaire, leurs performances et des marqueurs génétiques. Une population composite augmente parfois la diversité disponible, mais peut aussi réunir des groupes adaptés à des milieux différents. L’hybridation et le transfert d’animaux exigent donc une traçabilité biologique et sanitaire.

Gestion génétique

L’effectif efficace mesure la vitesse à laquelle dérive génétique et consanguinité s’accumulent ; il est généralement inférieur au nombre d’animaux détenus. La représentation équilibrée des familles, la maîtrise des accouplements et la conservation de matériel cryogénique peuvent préserver une part plus importante de la diversité initiale.

Après plusieurs générations, la souche sélectionnée n’est plus identique à sa population de base. Les changements résultent de la sélection volontaire, de la sélection involontaire en captivité, de la dérive et d’éventuelles introductions. La population de base constitue ainsi un repère historique et génétique, et non une réserve immuable.