Virome

Le virome est l’ensemble des virus présents dans un organisme, un milieu ou une communauté à un moment et selon une méthode d’échantillonnage définis. Il peut inclure les particules virales libres, les virus associés à des cellules et les séquences virales intégrées dans les génomes de leurs hôtes.

Composition

Dans l’eau, les sédiments, les biofilms ou le tube digestif d’un poisson, le virome comprend souvent de nombreux bactériophages ainsi que des virus d’archées et d’eucaryotes. Tous ne sont pas pathogènes pour l’animal échantillonné. Les phages modifient la mortalité microbienne, les transferts de gènes et les cycles biogéochimiques ; des virus détectés dans un contenu intestinal peuvent aussi provenir de l’alimentation ou du milieu.

Étude et limites

La viromique étudie notamment les séquences virales présentes dans les données métagénomiques ou de métatranscriptomique. Les différentes approches ne décrivent pas également les virus à ADN ou à ARN, enveloppés ou non, et les bases de référence restent incomplètes. Détecter une séquence ne démontre donc ni une infection active ni la maladie. Le virome constitue une composante du microbiome aquatique au sens écologique large ; son périmètre varie selon le compartiment analysé et l’inclusion ou non des éléments viraux endogènes.