Axénique

Un organisme, une culture ou un milieu axénique est dépourvu de tout organisme vivant détectable autre que l’entité étudiée. Un élevage axénique de poisson contient donc l’animal mais aucun microorganisme associé connu, contrairement à un système simplement exempt d’un agent pathogène particulier.

L’état axénique est plus strict qu’un statut sanitaire spécifique. Un animal exempt d’agents pathogènes désignés peut conserver un microbiote complexe, tandis qu’un modèle gnotobiotique héberge seulement les microorganismes dont la présence est connue. Un modèle axénique constitue ainsi un cas particulier de système gnotobiotique, sans microorganisme introduit.

Modèle expérimental

Des embryons de poisson-zèbre peuvent être désinfectés en surface puis élevés dans un milieu stérile. Leur comparaison avec des animaux conventionnels révèle les effets du microbiote sur le développement intestinal, l’immunité, le métabolisme et le comportement. L’introduction contrôlée d’une ou plusieurs souches transforme le modèle axénique en modèle gnotobiotique.

La préparation associe généralement la désinfection externe des œufs, du matériel et des solutions à des manipulations aseptiques. L’aliment et les échanges d’eau doivent rester compatibles avec cet isolement. Des témoins conventionnels ou colonisés de manière définie permettent ensuite de distinguer l’effet de l’absence de microbiote de celui du traitement de préparation.

L’axénie est un état opérationnel dépendant des méthodes de contrôle. Cultures microbiologiques, microscopie et analyses moléculaires recherchent des contaminants, sans garantir l’absence absolue de toute entité biologique. Les manipulations, l’eau, l’aliment et l’air constituent des voies permanentes de contamination.

La sensibilité et la fréquence des contrôles déterminent donc le niveau d’assurance expérimental. Une contamination détectée rompt l’état axénique et peut modifier rapidement le développement ou la physiologie observés, ce qui impose de distinguer la période réellement contrôlée du reste de l’expérience.