Charge virale
La charge virale est la quantité d’un virus ou de son matériel génétique présente dans une quantité définie d’échantillon. Chez les animaux aquatiques, elle peut être rapportée à un volume de sang ou d’eau, une masse de tissu, un nombre de cellules ou un prélèvement entier. Sa signification dépend directement de la méthode et de l’unité employées.
Ce qui est mesuré
Une PCR quantitative, ou qPCR, estime le nombre de copies d’une séquence d’ADN cible. Pour un virus à ARN, une transcription inverse précède l’amplification. Le résultat peut être exprimé en copies par milligramme de tissu, par microlitre d’extrait ou relativement à un gène de référence. Il décrit alors une quantité d’acide nucléique, pas un dénombrement direct de virions infectieux.
Une culture cellulaire suivie d’un titrage mesure au contraire une infectivité, par exemple en unités formant plage ou en dose infectieuse pour une proportion de cultures. L’ADN ou l’ARN viral peut persister après la perte d’infectivité ; la détection moléculaire et l’isolement d’un virus viable répondent donc à des questions différentes.
Interprétation chez les poissons
La charge mesurée varie avec l’organe, le stade de l’infection, la température, l’état immunitaire et la qualité du prélèvement. Pour l’herpèsvirose de la carpe koï, le manuel de l’Organisation mondiale de la santé animale indique que la qPCR peut quantifier de faibles nombres de copies, tandis que la simple détection d’ADN dans l’environnement ne démontre pas toujours la présence de virus infectieux.
Une valeur n’est comparable à une autre que si la matrice, la préparation, la cible moléculaire, l’étalon, l’unité et les performances analytiques sont compatibles. La charge virale complète ainsi le diagnostic clinique et épidémiologique sans s’y substituer.
