Codage à barres moléculaire

Le codage à barres moléculaire est une méthode d’identification qui compare une courte séquence d’ADN standardisée d’un spécimen à une bibliothèque de séquences rattachées à des organismes identifiés. Chez les animaux, la région la plus utilisée est un fragment du gène mitochondrial COI, mais d’autres marqueurs sont nécessaires dans certains groupes.

Principe

L’ADN est extrait, la région cible est amplifiée puis séquencée. La séquence obtenue est comparée à des références associées, idéalement, à un spécimen témoin conservé, une identification taxonomique documentée, une localité et des métadonnées de collecte. La proximité génétique aide à attribuer le spécimen à une espèce ou à signaler un groupe divergent.

Chez les poissons, cette approche peut identifier des œufs, des larves, des fragments tissulaires ou des produits transformés dépourvus de caractères morphologiques utilisables. Elle contribue aussi à détecter des erreurs d’étiquetage et à délimiter des lignées qui méritent une étude taxonomique approfondie.

Limites

Une correspondance dépend de la qualité et de la couverture de la bibliothèque. Une référence mal identifiée propage une attribution erronée, tandis qu’une espèce absente peut être associée à son plus proche parent disponible. L’hybridation, l’introgression, les pseudogènes mitochondriaux, une divergence récente ou le partage d’haplotypes peuvent aussi réduire le pouvoir discriminant.

Le seuil de distance entre séquences n’est pas universel. Le barcoding complète donc la taxonomie morphologique, écologique et biogéographique ; il ne remplace ni la description d’une nouvelle espèce, ni l’examen critique des données de référence.