Coefficient de consanguinité

Le coefficient de consanguinité, noté F, mesure la probabilité que les deux copies d’un locus chez un individu soient identiques par ascendance, c’est-à-dire héritées d’un même allèle ancestral. Sa valeur dépend de la population de référence et des informations généalogiques ou génomiques disponibles. Il décrit une parenté réalisée ou attendue, non une maladie ni un caractère directement observable.

Calcul à partir d’une généalogie

Dans une généalogie, F d’un descendant est lié à la parenté entre ses deux parents. Un accouplement entre individus apparentés augmente la probabilité que leurs descendants reçoivent deux copies issues d’un ancêtre commun. Le calcul additionne les chemins généalogiques indépendants reliant les parents aux ancêtres communs, en tenant compte de la longueur de chaque chemin et de la consanguinité propre de ces ancêtres.

La valeur est nulle pour un fondateur supposé non apparenté aux autres fondateurs de la population de référence. Cette convention ne démontre pas une absence réelle de parenté plus ancienne : elle marque seulement la limite de la généalogie analysée. Une ascendance incomplète tend donc à sous-estimer la parenté enregistrée.

Interprétation en aquaculture

Le coefficient quantifie la consanguinité attendue à l’échelle du génome. Il ne prédit pas à lui seul la performance d’un poisson. La dépression de consanguinité résulte de l’expression accrue d’allèles récessifs délétères et de la réduction de l’avantage associé à l’hétérozygotie ; son intensité varie selon la population, le caractère et l’environnement.

Les marqueurs génomiques permettent aussi d’estimer l’autozygotie, par exemple à partir de segments homozygotes hérités d’ancêtres communs. Ces estimations ne sont pas nécessairement égales au coefficient de pedigree, car elles mesurent la ségrégation effectivement réalisée et dépendent du jeu de marqueurs, de la méthode et de la référence allélique choisie.