Consanguinité
La consanguinité résulte de la reproduction entre individus apparentés. Elle augmente chez leurs descendants la probabilité que les deux copies d’un locus proviennent d’un même ancêtre et soient identiques par ascendance. En élevage aquacole comme dans les petites populations sauvages, son accumulation modifie la diversité génétique et peut réduire les performances ou la capacité d’adaptation.
Mesure
Le coefficient de consanguinité (F) représente, pour un individu, la probabilité que les deux allèles d’un locus soient identiques par ascendance. Il est calculé à partir d’un pedigree ou estimé à partir de marqueurs génomiques. Une valeur élevée traduit une autozygotie moyenne plus importante, mais non une uniformité de tout le génome ni l’identité génétique entre descendants.
L’augmentation moyenne de consanguinité par génération est liée à la taille efficace de la population, qui reflète le nombre de reproducteurs contribuant réellement aux générations suivantes et la distribution de leurs contributions. Elle est souvent bien inférieure au nombre de poissons adultes présents lorsque le sex-ratio est déséquilibré, que quelques géniteurs produisent l’essentiel des descendants ou que les tailles de familles varient fortement.
Effets en élevage
La consanguinité augmente l’homozygotie et rend plus fréquente l’expression d’allèles récessifs délétères. Une diminution moyenne de survie, de croissance, de fertilité, de qualité des gamètes ou de résistance aux contraintes constitue une dépression de consanguinité. Son intensité varie selon les espèces, les populations, les caractères et l’histoire démographique ; tous les croisements apparentés ne produisent donc pas le même effet observable.
Dans une population captive, la conservation des pedigrees, l’équilibrage des contributions familiales, l’emploi d’un nombre suffisant de mâles et de femelles et le suivi génomique ralentissent son accumulation. L’introduction de reproducteurs extérieurs peut accroître la diversité, mais elle modifie aussi la composition génétique de la souche et comporte des enjeux sanitaires et d’adaptation locale.
