Dépistage de Bsal

Le dépistage de Bsal recherche Batrachochytrium salamandrivorans chez des amphibiens sans signes apparents, notamment des salamandres et tritons exposés à un risque d’introduction ou de circulation du champignon. Il utilise généralement un écouvillon cutané et une PCR quantitative spécifique, parfois intégrée à une réaction duplex recherchant simultanément B. salamandrivorans et B. dendrobatidis. La susceptibilité variant entre espèces, la composition du groupe échantillonné est déterminante.

Échantillonnage

L’écouvillonnage couvre plusieurs régions de la peau selon un protocole constant, notamment les faces dorsale et ventrale et, chez les urodèles, les extrémités et la queue. Le protocole vise surtout les animaux après la métamorphose, chez lesquels l’infection cutanée est établie ; il ne doit pas être transposé aux larves sans validation spécifique. Les lésions, lorsqu’elles existent, peuvent être ciblées en complément, mais leur aspect n’est pas spécifique. La sensibilité dépend de la charge cutanée, de l’espèce, de la température, du stade de l’infection, d’une mue récente et de la qualité du prélèvement.

La conservation des écouvillons, l’extraction de l’ADN et la présence éventuelle d’inhibiteurs influencent le résultat. Les témoins positifs, négatifs de prélèvement et d’extraction, ainsi qu’un contrôle interne, vérifient le fonctionnement de l’essai, l’absence de contamination et la validité de l’amplification. Les gants et le matériel sont changés ou désinfectés entre animaux conformément aux règles de biosécurité des amphibiens.

Le regroupement d’écouvillons ne doit être utilisé que si la perte de sensibilité liée à la dilution a été évaluée. Le nombre d’animaux et leur sélection dépendent de l’objectif : contrôle avant mouvement, enquête dans une collection, investigation autour d’un cas ou estimation de la circulation dans une population. Des prélèvements répétés peuvent être nécessaires lorsque l’exposition est récente ou la charge faible.

Analyse et portée du résultat

La méthode duplex décrite par Blooi et ses collaborateurs distingue les deux chytrides au moyen de cibles et de sondes spécifiques. Comme pour tout diagnostic moléculaire, les seuils, répétitions et critères de classement doivent suivre un protocole validé. Un signal proche de la limite de détection ou discordant nécessite l’application de la règle prévue par le laboratoire, voire une confirmation sur un nouvel extrait ou prélèvement.

Une PCR positive indique que la séquence cible de B. salamandrivorans a été détectée. Elle ne prouve pas à elle seule la viabilité de l’agent et ne suffit pas à attribuer une lésion ou une mortalité à la chytridiomycose. Chez un animal malade, l’examen clinique, l’histologie cutanée et le contexte épidémiologique complètent l’enquête.

Une analyse négative ne garantit pas l’absence d’infection si la charge est faible, irrégulièrement répartie ou inférieure à la limite de détection. Pour un groupe, la valeur du dépistage dépend du nombre d’animaux testés, de la représentation des espèces et des stades, du moment de collecte et de la répétition des prélèvements. Les résultats décrivent les échantillons analysés à un moment donné, dans les limites explicites de la méthode et du plan d’échantillonnage.