Extra-groupe

Un extra-groupe est un taxon inclus dans une analyse phylogénétique pour comparer et enraciner le groupe étudié, sans appartenir à ce groupe interne. Il aide à déterminer l’état relatif des caractères et le sens des divergences. L’extra-groupe n’est pas forcément l’ancêtre du groupe interne et ne doit pas être présenté comme tel.

Choix méthodologique

Un proche groupe frère est souvent informatif, mais un seul taxon peut porter des caractères très dérivés. Utiliser plusieurs extra-groupes permet de tester la stabilité de la racine et de mieux distinguer états ancestraux et convergences.

Un extra-groupe trop éloigné augmente les difficultés d’alignement et le risque d’attraction des longues branches. Le choix doit être justifié par des connaissances indépendantes de la matrice analysée.

La polarisation obtenue reste une inférence dépendante de l’arbre ; elle doit être réévaluée si l’échantillonnage taxonomique ou le modèle de substitution change.