Généalogie

Une généalogie décrit les relations de parenté entre individus au fil des générations. Elle est souvent représentée par un pedigree, diagramme reliant parents et descendants. En élevage aquacole, elle sert à suivre les croisements, estimer la consanguinité, gérer la diversité génétique et analyser la transmission de caractères.

Construction et usage

Une généalogie fiable associe à chaque individu un identifiant unique, ses parents présumés ou confirmés, sa cohorte et les événements de reproduction. Les liens peuvent provenir d’observations d’accouplement, de lots séparés ou d’assignations génétiques réalisées avec des marqueurs.

Le pedigree permet de calculer des coefficients de parenté et d’organiser les accouplements afin de limiter l’augmentation de la consanguinité. Il aide aussi à séparer effets génétiques et effets du milieu dans l’évaluation des performances.

Limites

Une erreur de filiation se propage dans tous les calculs descendants. Les pontes collectives, la fécondation multiple et les mélanges de larves rendent souvent l’observation insuffisante chez les poissons. Les probabilités d’assignation génétique doivent alors être rapportées avec les marqueurs, les candidats testés et le seuil retenu.

Une généalogie d’individus ne doit pas être confondue avec un arbre phylogénétique, qui représente des relations évolutives entre lignées ou taxons.

Références

• Jones OR, Wang J. COLONY: a program for parentage and sibship inference from multilocus genotype data. Molecular Ecology Resources. 2010;10:551-555. 10.1111/j.1755-0998.2009.02787.x