Marqueur génétique

Un marqueur génétique est un caractère héréditaire détectable dont la position génomique, l’allèle ou le mode de transmission permet de distinguer des individus, des lignées ou des populations. Dans l’usage actuel, il s’agit le plus souvent d’une séquence d’ADN polymorphe génotypée directement ; certains marqueurs historiques reposent toutefois sur des produits géniques, comme les allozymes.

Principaux types

Les polymorphismes d’un seul nucléotide, les microsatellites, les insertions-délétions et les haplotypes mitochondriaux répondent à des échelles et à des questions différentes. Un marqueur peut se trouver dans un gène ou dans une région sans fonction connue. Sa proximité physique avec un locus d’intérêt peut permettre de suivre indirectement la transmission de ce locus par liaison génétique, sans que le marqueur soit lui-même causal.

Applications aux organismes aquatiques

Des ensembles de marqueurs servent à étudier la diversité génétique, la parenté, la structure des populations, le flux génique, l’assignation à un stock ou le suivi de lignées d’élevage. Leur pouvoir informatif dépend du polymorphisme, de la qualité du génotypage, de l’échantillonnage et du modèle de population. Un marqueur unique est rarement suffisant pour attribuer avec robustesse une origine ou un effet biologique.

La pigmentation ou une bande chromosomique peut être un caractère héréditaire, mais ne constitue pas automatiquement un marqueur génétique fiable. Sa validité repose sur la transmission, la reproductibilité et l’association démontrée au locus ou à la population étudiée. Le marqueur génétique se distingue enfin du biomarqueur clinique, qui renseigne un état biologique sans devoir être héréditaire.