Métatranscriptomique

La métatranscriptomique étudie l’ensemble des ARN exprimés par une communauté d’organismes dans un échantillon, sans isoler chaque espèce au préalable. Elle renseigne sur les gènes activement transcrits au moment du prélèvement et complète la métagénomique, qui décrit surtout le potentiel génétique présent.

De l’échantillon aux transcrits

L’ARN est extrait, stabilisé puis converti en ADN complémentaire avant séquençage. L’ARN ribosomal, très abondant, est souvent réduit afin d’accroître la détection des ARN messagers. Les lectures sont ensuite contrôlées, assemblées ou alignées sur des génomes et bases de référence. L’attribution taxonomique et fonctionnelle reste délicate lorsque des organismes proches partagent des séquences ou lorsque le microbiome contient beaucoup d’espèces non décrites.

Interprétation écologique

Dans l’eau, les sédiments, les biofilms ou le microbiote intestinal des poissons, la méthode peut révéler quelles voies métaboliques répondent à une variation d’oxygène, de nutriments, de température ou d’état sanitaire. Un ARN détecté témoigne d’une transcription, mais pas nécessairement d’une synthèse protéique ni d’un flux métabolique mesurable. Les résultats sont sensibles à l’heure et au mode de prélèvement, à la dégradation de l’ARN, aux différences de taille des génomes et aux méthodes de normalisation. Des réplications et des métadonnées environnementales sont indispensables pour comparer des microbiomes aquatiques.