Phylogénie

La phylogénie est l’histoire des relations de descendance entre organismes, populations ou taxons. Par extension, le terme désigne l’hypothèse qui reconstruit ces relations, souvent représentée par un arbre ramifié.

Reconstruction

Une analyse phylogénétique compare des caractères homologues, morphologiques ou moléculaires, puis utilise un modèle et une méthode d’inférence pour estimer les branchements. Les nœuds internes représentent des ancêtres communs hypothétiques ; leur ordre traduit des relations de parenté, pas une progression linéaire vers des organismes « plus évolués ». Deux taxons frères partagent un ancêtre commun plus récent entre eux qu’avec les autres taxons de l’arbre.

Un arbre est une hypothèse dépendante des taxons échantillonnés, des caractères, de l’alignement, du modèle et de la méthode. La longueur des branches n’exprime le temps ou la quantité de changement que si l’analyse le définit ainsi. Les valeurs de support évaluent la stabilité statistique d’un regroupement, sans le transformer en certitude. Introgression, hybridation, transfert horizontal ou tri incomplet des lignées peuvent produire des histoires différentes selon les gènes.

Enracinement et interprétation

La racine donne une direction au temps évolutif et permet de distinguer caractères ancestraux et dérivés. Elle peut être estimée avec un groupe externe, une horloge moléculaire ou d’autres hypothèses. Un arbre non enraciné décrit des proximités de branchement mais ne désigne pas l’ancêtre le plus ancien.

Une rotation des branches autour d’un nœud ne change pas la topologie : l’ordre visuel des extrémités n’est pas un classement. De même, les espèces actuelles ne sont pas les ancêtres directs les unes des autres du seul fait qu’elles apparaissent près de la base du dessin.

La phylogénie se distingue de l’ontogénie, qui décrit le développement d’un individu. Elle éclaire la classification, mais nomenclature et relations évolutives restent deux opérations distinctes.