Phylogramme

Un phylogramme est un arbre de phylogénie dont la longueur des branches représente une quantité estimée de changement évolutif, souvent le nombre de substitutions par site dans une séquence. La topologie indique les relations de parenté proposées, tandis que la distance graphique le long des branches apporte une information quantitative supplémentaire.

Lecture

Deux branches de même longueur correspondent à une quantité de changement comparable selon le modèle utilisé. La somme des longueurs entre deux extrémités représente leur distance sur l’arbre, mais pas nécessairement le temps écoulé. Une lignée peut accumuler plus de changements qu’une autre pendant une même durée.

Le phylogramme se distingue ainsi d’un cladogramme, où seules la ramification et l’ordre des groupes comptent. Il diffère aussi d’un chronogramme phylogénétique, dont les longueurs sont calibrées en unités de temps.

Les longueurs dépendent des données, du modèle de substitution et de la méthode d’inférence. Une branche courte ne prouve donc pas une faible ancienneté, et son orientation sur la page n’a pas de signification évolutive. Les valeurs de soutien des nœuds évaluent encore une autre propriété : la robustesse de la ramification estimée.