Population fondatrice

Une population fondatrice est l’ensemble des individus à l’origine de l’établissement d’une nouvelle population, par colonisation naturelle, introduction ou programme de conservation. Elle ne se limite pas aux animaux observés comme sexuellement actifs : seuls les fondateurs qui contribuent effectivement à la descendance transmettent leurs allèles à la population établie. Le terme historique « population de base » est ambigu et peut avoir d’autres sens en sélection animale.

Échantillonnage et effet fondateur

Lorsque les fondateurs ne représentent qu’un sous-ensemble de la population source, leurs fréquences alléliques peuvent différer par hasard. Cet effet fondateur est une forme de dérive génétique. Il peut réduire la diversité génétique, augmenter la parenté et modifier la fréquence d’allèles rares, mais l’intensité dépend du nombre de contributeurs, de leur apparentement, du sex-ratio, du succès reproducteur et des apports ultérieurs.

L’effectif introduit et le nombre de fondateurs génétiquement contributeurs sont deux quantités différentes. Des poissons transportés mais morts avant reproduction, ou des reproducteurs dont la descendance ne survit pas, n’ont pas la même contribution que les individus représentés dans les générations suivantes. Les pedigrees, fréquences alléliques, haplotypes et segments identiques par descendance renseignent des aspects complémentaires de cet événement. Leur interprétation dépend de la population source, de la période étudiée et du modèle démographique retenu.