Raréfaction

La raréfaction est une méthode statistique qui estime la richesse en espèces attendue dans une fraction d’un échantillon écologique. Elle permet de comparer des assemblages à nombre d’individus, nombre d’unités d’échantillonnage ou couverture comparables. Elle décrit une interpolation dans les données observées ; une extrapolation au-delà de l’échantillon constitue une étape supplémentaire, soumise à d’autres incertitudes.

Ce qui est standardisé

Une raréfaction fondée sur les individus demande combien d’espèces seraient observées si un plus petit nombre d’organismes était tiré au hasard du relevé. Une raréfaction fondée sur les échantillons raisonne sur des unités de collecte, par exemple des prélèvements ou des stations. Ces deux approches ne répondent pas exactement à la même question et doivent respecter le plan de collecte.

La courbe représente une richesse attendue, et non l’ordre particulier dans lequel les espèces ont été rencontrées sur le terrain. Les intervalles d’incertitude expriment la variabilité de l’estimation. Un plateau peu marqué peut indiquer qu’un supplément d’effort révèle encore de nombreuses espèces ; l’absence de plateau ne permet pas, à elle seule, de conclure que l’échantillonnage est mal conduit.

Taille et couverture

Deux échantillons de même taille peuvent représenter des fractions différentes de leurs communautés. La standardisation par couverture cherche donc une complétude comparable plutôt qu’un nombre identique d’individus. La couverture correspond à la part estimée de la communauté représentée par les espèces détectées ; elle n’est pas le pourcentage d’espèces déjà inventoriées.

Chao et Jost montrent que cette approche peut modifier le classement apparent de communautés comparées à taille égale. Le choix de la méthode doit être annoncé avec l’unité, l’effort et l’incertitude.

Limites de la comparaison

La raréfaction ne corrige pas une différence de détectabilité, une saison de collecte incompatible ou un engin sélectif. Une comparaison entre sites exige donc des données suffisamment comparables en amont. Les espèces rares ou non détectées restent une source d’incertitude, surtout pour l’extrapolation. La méthode ne mesure pas non plus directement les différences de composition : deux assemblages de richesse égale peuvent contenir des espèces entièrement différentes.