Rétrotransposon

Un rétrotransposon est un élément génétique mobile qui se propage dans un génome par un intermédiaire ARN. Sa séquence est transcrite, puis une transcriptase inverse produit une copie d’ADN qui s’insère à un nouvel emplacement. Ce mécanisme de copie-insertion peut augmenter le nombre de copies sans retirer l’élément donneur.

Grandes catégories

Les rétrotransposons à répétitions terminales longues, dits LTR, partagent une organisation et certaines enzymes avec les rétrovirus, mais ne possèdent pas nécessairement les fonctions permettant une transmission entre cellules. Les rétrotransposons sans LTR comprennent notamment les LINE autonomes, qui codent leur machinerie, et les SINE non autonomes, qui utilisent celle d’autres éléments. D’autres lignées, comme les éléments de type Penelope, ont des architectures distinctes.

Effets sur le génome

Une insertion peut interrompre un gène, modifier sa régulation ou provoquer une recombinaison entre copies apparentées. La plupart des organismes limitent donc leur activité par des mécanismes épigénétiques et de petits ARN. À plus long terme, les rétrotransposons contribuent aussi à la taille du génome, à son remaniement et parfois à l’apparition de nouvelles séquences régulatrices.

Leur abondance varie fortement entre espèces et entre régions d’un chromosome. Une copie détectée dans une séquence n’est pas nécessairement active : de nombreuses insertions anciennes sont tronquées ou mutées et constituent des traces de mobilisations passées.