Génome

Le génome est l’ensemble de l’information génétique d’un organisme, généralement portée par l’ADN. Chez un poisson, il comprend le génome nucléaire réparti entre les chromosomes et le petit génome mitochondrial. Toutes les cellules ne contiennent pas nécessairement une copie nucléaire complète, notamment les globules rouges matures de certains vertébrés, mais ceux des poissons restent nucléés.

Contenu et variation

Le génome comprend gènes codant des protéines, ARN non codants, régions régulatrices, séquences répétées et autres régions intergéniques. Sa taille ne mesure pas directement la complexité de l’organisme.

Les individus d’une même espèce partagent une organisation générale mais diffèrent par des variants ponctuels, insertions, délétions et réarrangements. Chez les poissons, des duplications complètes du génome et des variations de ploïdie ont joué un rôle majeur dans l’évolution.

Génome, génome de référence et séquençage

Un génome de référence est une représentation assemblée à partir d’un ou plusieurs individus ; il ne contient pas toute la diversité de l’espèce. La qualité dépend de la couverture, de la continuité, de l’annotation et du traitement des régions répétées.

« Séquencer un génome » ne signifie donc pas que chaque fonction est connue. L’annotation et la validation expérimentale restent nécessaires pour relier une séquence à un caractère.