Tri incomplet des lignées

Le tri incomplet des lignées est la persistance de plusieurs variantes génétiques ancestrales au-delà d’événements successifs de spéciation. Leur coalescence peut alors précéder les divergences d’espèces dans un ordre différent, si bien qu’un arbre de gène ne reproduit pas l’arbre des espèces.

Caractéristiques

Le phénomène est fréquent lorsque les divergences sont rapprochées et les populations ancestrales grandes. Différents loci indépendants peuvent soutenir des regroupements contradictoires sans hybridation ni erreur de séquençage. Une polytomie apparente peut ainsi refléter un signal coalescent complexe plutôt qu’une absence totale d’histoire ramifiée.

La phylogénie d’espèces ne se déduit donc pas mécaniquement d’un seul gène. Les méthodes du coalescent multispecies utilisent plusieurs loci et modélisent cette discordance. Même la relation de groupe-sœur la plus fréquente parmi les arbres de gènes peut devenir trompeuse dans certaines branches internes très courtes.