Étang de Berre : comprendre la mortalité des poissons

Depuis le vendredi 11 septembre 2026, une quantité importante de poissons morts s’est échouée dans l’anse de Saint-Chamas, au nord de l’étang de Berre. Selon les explications du Gipreb relayées le 14 septembre par la Ville et les médias locaux, les animaux ont rencontré des eaux profondes dépourvues d’oxygène, remontées vers la surface après un épisode de mistral. Ce cas montre pourquoi une mortalité spectaculaire ne doit être attribuée ni à une pollution chimique ni à une maladie avant d’avoir reconstitué la dynamique de l’eau.

Une lagune fragilisée par la chaleur estivale

L’étang de Berre est une lagune méditerranéenne peu profonde, productive et sensible aux variations de température, de salinité et de vent. Le 13 août, après plusieurs vagues de chaleur, le Gipreb signalait des températures atteignant 30 °C au centre et régulièrement 32 à 33 °C dans certaines zones de baignade. Les sondes récupérées confirmaient alors une anoxie presque généralisée des couches profondes, tandis que les eaux superficielles restaient oxygénées.

La chaleur agit par plusieurs voies. Elle réduit la solubilité de l’oxygène dissous, augmente les besoins métaboliques de nombreux organismes et accélère les processus microbiens. Elle favorise aussi la production de phytoplancton lorsque lumière et nutriments sont disponibles. Une partie de cette biomasse finit par sédimenter. Sa décomposition par les bactéries consomme l’oxygène près du fond.

La colonne d’eau ne fonctionne pas comme un volume homogène. Des différences de température et surtout de salinité peuvent maintenir une couche superficielle plus légère au-dessus d’une eau profonde plus dense. Cette séparation limite le transfert d’oxygène depuis l’atmosphère. La surface peut donc paraître acceptable alors qu’une masse d’eau profonde est en anoxie, c’est-à-dire pratiquement privée d’oxygène utilisable.

Le mistral a déplacé le danger

Un vent fort réoxygène souvent une lagune en mélangeant la colonne d’eau. Dans l’épisode de Saint-Chamas, son effet immédiat a toutefois été plus complexe. D’après les explications du Gipreb rapportées par Maritima, le mistral des mercredi 9 et jeudi 10 septembre a poussé les eaux de surface vers le sud. Par compensation, des eaux profondes anoxiques et acidifiées sont remontées dans la partie nord de l’étang : un mouvement d’upwelling.

Les poissons mobiles peuvent normalement éviter une zone pauvre en oxygène lorsqu’un refuge reste accessible. Ici, la remontée rapide a déplacé une masse d’eau devenue incompatible avec leur respiration vers l’habitat superficiel. Les animaux présents dans l’anse n’ont pas tous pu fuir. La mortalité observée sur les rives constitue la conséquence visible d’un processus engagé auparavant et en profondeur.

Cet épisode est décrit localement comme une malaïgue, ou « mauvaise eau ». Le terme désigne une crise aiguë de désoxygénation dans une lagune. Lorsque l’oxygène disparaît, les processus microbiens anaérobies modifient la chimie du milieu et peuvent produire des sulfures. Les eaux peuvent alors devenir blanchâtres. Parler de malaïgue décrit donc une perturbation biogéochimique ; cela ne désigne ni une infection contagieuse ni, à lui seul, une contamination chimique externe.

Ce que l’événement permet d’affirmer — et ce qu’il ne prouve pas

La chronologie, les fortes chaleurs documentées, l’anoxie profonde mesurée en août et le changement de circulation provoqué par le vent forment un scénario cohérent. Les communications consultées attribuent l’épisode au contact des poissons avec des eaux profondes dépourvues d’oxygène et altérées chimiquement. Le Gipreb indiquait le 14 septembre que les eaux étaient de nouveau réoxygénées et que la situation écologique s’était améliorée.

Cette interprétation ne transforme pas chaque mortalité de lagune en malaïgue. Une pollution, une prolifération toxique, un agent infectieux ou plusieurs facteurs simultanés peuvent produire des tableaux voisins. Une coloration de l’eau, une odeur ou des cadavres échoués ne suffisent pas à différencier ces causes. L’acidification rapportée pendant l’épisode ne doit pas non plus être assimilée à une « intoxication acide » sans mesures, profils verticaux et analyses adaptés.

La portée des informations disponibles reste limitée. Les sources publiques ne fournissent pas encore d’inventaire détaillé des espèces, des classes de taille, du nombre total d’animaux, des profils d’oxygène et de pH au moment précis de la mortalité, ni d’examens des poissons. Elles décrivent solidement le mécanisme hydrologique proposé, mais ne constituent pas un rapport complet d’investigation vétérinaire ou écotoxicologique.

Les enseignements pour la surveillance des milieux

Pour les gestionnaires de lagunes, collectivités, associations et équipes de terrain, le premier enseignement est spatial : une mesure en surface ne décrit pas une colonne d’eau stratifiée. Température, salinité, oxygène, pourcentage de saturation et pH doivent être relevés à plusieurs profondeurs, notamment dans les anses abritées et près du fond. Une série temporelle est plus informative qu’une mesure isolée, car la production d’oxygène le jour, la respiration nocturne et les changements de vent déplacent rapidement le risque.

Le deuxième enseignement est météorologique. Le vent ne doit pas être classé simplement comme favorable ou défavorable. Sa direction, sa durée, son intensité et la géométrie du bassin peuvent réoxygéner les profondeurs, mais aussi provoquer temporairement la remontée d’une masse d’eau dégradée. Les alertes doivent donc rapprocher les données des sondes, les prévisions de vent, la température, les observations de couleur et le comportement des poissons.

Le troisième enseignement concerne l’enquête. Dès les premiers poissons moribonds ou morts, il faut dater et géolocaliser les observations, estimer les espèces et tailles touchées, photographier la distribution, mesurer l’eau avant qu’elle ne change et prévenir les autorités compétentes. Des animaux fraîchement morts ou moribonds peuvent être utiles pour l’examen, à condition de contacter le laboratoire avant le prélèvement et d’assurer une traçabilité adaptée. Même lorsqu’une cause environnementale paraît probable, conserver des échantillons pertinents aide à rechercher une cause associée ou à écarter des hypothèses concurrentes.

Baignade et communication : rester dans le périmètre des autorités

La Ville de Saint-Chamas a relayé l’avis du Gipreb selon lequel la qualité des eaux de baignade n’était pas affectée par le phénomène et que les eaux étaient réoxygénées. Elle recommandait néanmoins de ne pas se baigner là où de nombreux cadavres étaient présents. Cette information est datée et locale : elle ne remplace pas les décisions de la commune, les contrôles de l’Agence régionale de santé ni l’affichage actualisé sur chaque plage.

Une communication professionnelle doit distinguer l’état écologique, la qualité sanitaire de baignade et le diagnostic de la mortalité. Ces trois questions mobilisent des paramètres et des autorités différents. Dire que la baignade reste conforme ne signifie pas que l’écosystème n’a pas subi de dommage ; constater une mortalité ne permet pas davantage de conclure à un risque sanitaire pour l’être humain.

Transformer l’épisode en protocole de préparation

L’épisode de Saint-Chamas rappelle qu’une crise visible peut naître plusieurs mètres plus bas et plusieurs semaines plus tôt. La chaleur et la production organique ont préparé une eau profonde anoxique ; le mistral a ensuite déplacé cette eau vers les poissons. Comprendre cette séquence évite les explications trop rapides et améliore le ciblage des mesures.

Les gestionnaires peuvent en tirer un plan concret : définir les stations et profondeurs sentinelles, fixer une fréquence renforcée en période chaude, documenter les seuils d’alerte propres au site, prévoir la conduite à tenir après un changement de vent et préparer avec les laboratoires les prélèvements d’eau et d’animaux. Vetofish peut accompagner la conception de ce protocole, la documentation d’une mortalité, les prélèvements vétérinaires et l’interprétation croisée des données environnementales et biologiques, sans présumer d’une cause unique avant l’enquête.