ADN environnemental
L’ADN environnemental est le matériel génétique recueilli directement dans un échantillon de milieu, par exemple de l’eau, un sédiment ou un biofilm, sans isoler au préalable l’organisme qui l’a émis. Il provient de cellules, mucus, fèces, gamètes, tissus ou microorganismes présents dans l’échantillon.
Détection
Une analyse ciblée recherche une espèce ou un groupe à l’aide d’amorces spécifiques. Le métabarcoding amplifie un marqueur génétique commun à plusieurs taxons puis compare les séquences à une base de référence. Les approches métagénomiques séquencent plus largement le matériel génétique, avec des contraintes différentes de coût et d’interprétation.
Interprétation
Une détection atteste que la séquence cible était présente dans l’échantillon, pas nécessairement qu’un organisme vivant occupait exactement le point au moment du prélèvement. L’ADN peut être transporté, persister après le départ de l’espèce ou provenir d’un aliment et d’un rejet. À l’inverse, dilution, dégradation, inhibition ou mauvais choix d’amorces peuvent produire un résultat négatif malgré la présence de l’organisme.
Des témoins de terrain, d’extraction et d’amplification, des réplicats et une base taxonomique documentée limitent les erreurs. Cette méthode complète les observations classiques pour inventorier la diversité génétique, détecter précocement une espèce ou surveiller un agent, mais sa portée dépend du plan d’échantillonnage et de la question étudiée.
