Diversité phylogénétique

La diversité phylogénétique mesure la quantité d’histoire évolutive représentée par un ensemble de taxons. Dans la métrique proposée par Faith, elle correspond à la somme des longueurs des branches du plus petit sous-arbre phylogénétique reliant tous les taxons considérés, généralement jusqu’à une racine définie.

Calcul

Deux assemblages comptant le même nombre d’espèces peuvent avoir des valeurs différentes. Un ensemble formé de lignées très éloignées couvre davantage de branches qu’un ensemble de proches parents. Le résultat dépend donc de l’arbre, de ses longueurs de branches, de son enracinement, du périmètre taxonomique et des incertitudes de reconstruction.

Cette mesure ne doit pas être confondue avec la diversité spécifique, la diversité génétique au sein des populations ou la simple classification taxonomique. Elle mobilise une hypothèse phylogénétique quantitative plutôt que les seuls rangs de taxonomie.

Conservation

La diversité phylogénétique peut aider à comparer des sites ou des scénarios de conservation in situ en estimant les branches qui seraient préservées ou perdues. Elle ne remplace pas l’évaluation des menaces, des fonctions écologiques, de l’endémisme ou de la faisabilité. Une longue branche peut représenter une histoire évolutive unique, mais sa priorité dépend aussi des objectifs et des risques considérés.