Monomorphe

En génétique des populations, un locus est monomorphe lorsqu’un seul allèle y est observé dans la population ou l’échantillon défini, selon le seuil retenu par l’étude. Le terme décrit l’absence de variation détectée à ce locus ; il ne signifie pas que le génome entier ni tous les caractères de la population sont uniformes.

Définition stricte et seuils

Au sens strict, un locus monomorphe ne présente qu’un seul état allélique : cet allèle est alors fixé dans la population considérée. Dans certains protocoles historiques ou appliqués, un locus est toutefois classé comme monomorphe lorsque l’allèle majoritaire dépasse un seuil, souvent 95 ou 99 %. Les variants plus rares sont alors exclus de la catégorie polymorphe par convention analytique, et non parce qu’ils sont absents.

Le seuil, la méthode de génotypage et le traitement des données manquantes déterminent donc la classification obtenue. La fréquence allélique estimée dépend aussi de la ploïdie et de l’effectif échantillonné.

Limites d’interprétation

Un individu homozygote possède deux copies identiques à un locus diploïde, mais cela ne suffit pas à dire que la population est monomorphe. Inversement, ne détecter qu’un allèle dans un petit échantillon ne prouve pas qu’aucun variant rare n’existe dans l’ensemble de la population.

Un même locus peut être monomorphe dans une population et polymorphe dans une autre, ou changer d’état au cours du temps sous l’effet de la dérive, de la sélection, des mutations ou des flux de gènes. Le résultat ne vaut donc que pour la population, la date, le marqueur et la puissance de détection considérés.