Taille efficace de population
La taille efficace de population, notée Ne, est la taille d’une population idéale qui subirait la dérive génétique ou l’augmentation de consanguinité au même rythme que la population réelle étudiée. Elle mesure la contribution génétique collective des reproducteurs et non leur simple nombre. Dans la plupart des populations naturelles ou élevées, Ne est inférieur à l’effectif recensé.
Pourquoi l’effectif réel ne suffit pas
Le modèle idéal suppose notamment des contributions reproductives comparables, un rapport des sexes équilibré, des générations séparées et une taille constante. Les populations de poissons s’en écartent souvent fortement : quelques adultes peuvent produire une grande part des descendants, les sex-ratios varient, les générations se chevauchent et les effectifs fluctuent. Un grand stock de reproducteurs peut donc avoir un Ne faible si peu d’individus transmettent effectivement leurs gènes.
Plusieurs tailles efficaces répondent à des questions différentes. La taille efficace de consanguinité décrit le rythme d’augmentation de la parenté entre descendants ; la taille efficace de variance décrit la variation aléatoire des fréquences alléliques. Elles peuvent différer dans une même population, particulièrement lorsque l’effectif change au cours du temps.
Conséquences génétiques
Un Ne faible accélère la dérive génétique, la perte d’allèles et l’augmentation de la consanguinité. Il réduit l’efficacité de la sélection contre certaines mutations défavorables et limite la diversité génétique disponible pour répondre aux changements futurs. Ces effets se cumulent au fil des générations, même si l’effectif démographique paraît momentanément abondant.
Le rapport Ne/N, où N est un effectif recensé défini avec précision, varie entre espèces et populations. Il n’existe pas de coefficient universel permettant de convertir automatiquement un comptage en Ne. Les fortes variations annuelles produisent notamment un effet de goulot, car la taille efficace à long terme est très influencée par les générations de faible effectif.
Estimation et gestion
Ne peut être estimé à partir des pedigrees, de la variation temporelle des fréquences alléliques, du déséquilibre de liaison ou de méthodes démographiques. Chaque estimateur possède des hypothèses et une fenêtre temporelle propres. La structure en sous-populations, la migration, la sélection et les erreurs d’échantillonnage peuvent biaiser l’interprétation.
En conservation et en sélection aquacole, répartir les contributions familiales, éviter un sex-ratio très déséquilibré et maintenir un nombre suffisant de lignées contribuent à préserver Ne. Cette grandeur complète, mais ne remplace pas, le suivi de l’abondance, de la démographie et de l’habitat.