Apomorphie

Une apomorphie est l’état dérivé d’un caractère, apparu par transformation d’un état antérieur au cours de l’évolution. Elle est toujours définie par rapport à une branche, à un groupe de référence et à une hypothèse d’arbre : un même état peut être dérivé à un niveau, puis constituer l’état ancestral d’un ensemble de descendants plus restreint.

Détermination

Un caractère est une propriété comparable entre organismes, tandis qu’un état de caractère correspond à l’une de ses formes observées. La polarisation estime quel état précède la transformation. Elle repose notamment sur un ou plusieurs groupes externes, les fossiles, le développement et la reconstruction des états ancestraux sur un arbre phylogénétique. Un groupe externe mal choisi ou une racine incertaine peut inverser l’interprétation ancestral–dérivé.

Les états ne forment pas toujours une série simple. Un caractère multistate peut subir des gains, pertes et transformations répétées, et un caractère moléculaire peut présenter de nombreuses substitutions au même site. Les modèles d’évolution et le codage des observations influencent alors la reconstruction, sans que l’apomorphie devienne une propriété absolue indépendante de l’analyse.

Le terme ne signifie ni « plus perfectionné » ni « plus complexe ». Une perte, une réduction anatomique, un changement de comportement ou une substitution moléculaire peut être apomorphe si elle est dérivée dans le contexte étudié. La qualification porte sur l’histoire du caractère, pas sur sa valeur adaptative ni sur un progrès supposé.

Apomorphies partagées ou propres

Une apomorphie partagée et héritée d’un ancêtre commun est une synapomorphie ; elle soutient un clade dans l’hypothèse considérée. Un état dérivé propre à un seul taxon terminal est une autapomorphie. Il aide à diagnostiquer ce taxon, mais ne fournit pas à lui seul une relation entre plusieurs taxons.

Un état semblable apparu indépendamment, ou réapparu après une réversion, relève d’une homoplasie, non d’une synapomorphie. Cette distinction dépend de l’arbre et peut changer avec de nouvelles données. L’état ancestral pour le groupe de référence est une plésiomorphie ; son partage ne suffit généralement pas à délimiter un sous-groupe interne.