Micro-organismes

Les micro-organismes, ou microbes, sont des êtres vivants généralement trop petits pour être étudiés individuellement à l’œil nu. Cette catégorie pratique comprend les bactéries, les archées, de nombreux protistes et microalgues ainsi que des champignons microscopiques. Elle rassemble des lignées sans origine évolutive unique.

Limites de la catégorie

Le terme ne correspond pas à un taxon. Bactéries et archées sont des organismes cellulaires dépourvus de noyau, mais appartiennent à des domaines distincts. Les microorganismes eucaryotes possèdent un noyau et comprennent notamment des levures, des protistes et des algues unicellulaires. Certains forment des colonies, des filaments ou des structures reproductrices visibles. Les cyanobactéries sont des bactéries photosynthétiques, non des algues eucaryotes.

Les virus sont étudiés en microbiologie, mais ce sont des entités acellulaires dont la réplication dépend d’une cellule hôte. Leur inclusion parmi les « microbes » relève d’un usage large et ne signifie pas qu’ils soient des organismes cellulaires. À l’inverse, le caractère microscopique d’un stade larvaire ne suffit pas toujours à classer un animal pluricellulaire parmi les microorganismes.

Fonctions en milieu aquatique

Les microorganismes réalisent une grande part de la production, de la décomposition et du recyclage des éléments dans l’eau et les sédiments. Les bactéries hétérotrophes incorporent de la matière organique dissoute, puis cette biomasse peut rejoindre le réseau trophique par les protistes : c’est la boucle microbienne. D’autres microorganismes assurent nitrification, dénitrification, photosynthèse, symbioses ou fermentation.

La microbiologie aquatique couvre aussi les microbiotes associés aux poissons et les agents infectieux. Culture, microscopie, amplification moléculaire et séquençage n’observent pas les mêmes fractions d’une communauté ; chacune produit une représentation partielle liée à sa cible et à sa limite de détection.