Nitrobacter

Nitrobacter est un genre de bactéries qui tirent de l’énergie de l’oxydation du nitrite en nitrate. Il participe ainsi à la seconde transformation de la nitrification aérobie. Ce nom taxonomique désigne un groupe déterminé d’Alphaproteobacteria ; il ne correspond pas à l’ensemble des microorganismes capables d’oxyder le nitrite dans les eaux, les sols ou les biofiltres.

Un genre bactérien identifié

La nomenclature spécialisée reconnaît Nitrobacter Winogradsky 1892 et son espèce type Nitrobacter winogradskyi. Le rang de genre se distingue de celui d’espèce et des niveaux supérieurs de classification. Cette précision compte lorsque des bases anciennes regroupent différemment les bactéries nitrifiantes ou conservent des noms de famille historiques.

Chez ces bactéries, la nitrite-oxydoréductase participe au transfert des électrons issus du nitrite vers une chaîne respiratoire. Dans les conditions aérobies, l’oxygène joue le rôle d’accepteur terminal. L’énergie obtenue permet notamment une croissance utilisant le carbone inorganique. Le produit global est le nitrate, une autre forme de l’azote qui reste présente dans le milieu.

Une fonction partagée avec d’autres lignées

Le nom Nitrobacter a longtemps servi, dans des présentations simplifiées de l’aquariophilie, à désigner toute bactérie transformant les nitrites en nitrates. Les études moléculaires ont montré que cette fonction appartient à plusieurs lignées. Hovanec et ses collaborateurs ont ainsi associé des bactéries proches de Nitrospira à l’installation de l’oxydation du nitrite dans les aquariums d’eau douce étudiés.

Ces observations ne démontrent pas l’absence de Nitrobacter dans tous les aquariums. Elles montrent que la fonction du biofiltre et l’identité d’un genre sont deux informations différentes. Une communauté peut assurer la même transformation globale avec une composition variable selon le milieu et son histoire.

La détection d’un marqueur génétique de Nitrobacter établit sa présence ou celle d’une lignée apparentée à la résolution de l’analyse. Elle ne mesure pas directement sa contribution à l’oxydation du nitrite. Cette contribution dépend de l’activité des cellules, de leurs interactions et des conditions locales ; elle demande des observations fonctionnelles complémentaires.