Paraphylie
La paraphylie est la propriété d’un groupe qui comprend un ancêtre commun mais exclut une partie de ses descendants. Un groupe paraphylétique représente ainsi une portion incomplète d’un clade. Cette qualification dépend de l’hypothèse phylogénétique et du périmètre étudié ; elle ne signifie pas simplement que le groupe est ancien, variable ou mal défini.
Définition
Sur un arbre enraciné, un groupe paraphylétique contient le nœud ancestral retenu et seulement certaines branches qui en descendent. Il diffère d’un groupe monophylétique, qui comprend tous les descendants de cet ancêtre, et d’un groupe polyphylétique, qui n’inclut pas l’ancêtre commun pertinent des membres réunis.
La paraphylie apparaît souvent lorsqu’une classification historique conserve un ensemble défini par des caractères ancestraux tout en séparant une lignée descendante devenue morphologiquement très différente. L’exclusion de cette lignée ne transforme pas les autres membres en un clade.
Détection
La qualification repose sur une hypothèse phylogénétique enracinée. Elle exige donc de préciser les taxons échantillonnés, les données analysées et la position de la racine. Une analyse limitée peut donner l’apparence d’un groupe complet alors qu’un descendant non échantillonné en modifierait l’interprétation.
Lorsqu’un taxon se révèle paraphylétique, plusieurs solutions nomenclaturales sont possibles : élargir sa composition pour inclure tous les descendants, subdiviser l’ensemble en clades plus petits, ou conserver le terme dans un usage informel clairement signalé. Le choix dépend des règles nomenclaturales et de l’objectif de la classification.
Limites d’usage
« Paraphylétique » décrit une relation sur un arbre ; ce n’est ni un jugement sur la valeur biologique du groupe ni une mesure de sa diversité. Un groupe peut être pratique pour décrire une morphologie, une écologie ou un stade évolutif tout en restant incompatible avec une classification strictement fondée sur les clades.
Références
- Wiley E. O. et Lieberman B. S. (2011). Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics, 2e éd. Wiley-Blackwell. https://doi.org/10.1002/9781118017883
- Cantino P. D. et de Queiroz K. (2020). International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode), version 6. CRC Press. https://doi.org/10.1201/9780429446320