Paraphylie

La paraphylie est la propriété d’un groupe qui comprend un ancêtre commun et seulement une partie de ses descendants. Le groupe contient donc une portion incomplète d’un clade. Cette qualification se rapporte à une hypothèse de parenté et à un périmètre précis ; elle ne signifie pas simplement que les organismes réunis sont anciens ou différents les uns des autres.

Un groupe incomplet sur un arbre

Sur un arbre enraciné, l’ancêtre commun constitue un point de départ dont descendent plusieurs lignées. Un groupe monophylétique comprend cet ancêtre et tous ses descendants. Un groupe paraphylétique en exclut au moins une lignée descendante tout en conservant le même ancêtre.

Un groupe polyphylétique ne réunit pas les organismes avec leur ancêtre commun pertinent. La distinction porte ainsi sur la manière dont un ensemble est délimité dans l’arbre, et non sur le nombre de caractères que ses membres semblent partager. Une ressemblance anatomique ne suffit pas à établir un clade.

Classification et hypothèse de parenté

Un arbre phylogénétique est une hypothèse des relations évolutives. Sa topologie, sa racine et les organismes inclus déterminent la lecture des groupes. La disposition graphique des extrémités n’exprime pas, à elle seule, leur proximité : déplacer une branche autour d’un nœud ne change pas les relations de parenté.

Une classification construite avant que les relations soient établies peut réunir un ancêtre et certains descendants tout en isolant un autre ensemble. L’ajout de données ou de lignées jusque-là absentes peut rendre cette situation visible. Le nom historique d’un taxon et la composition d’un clade ne coïncident donc pas nécessairement.

Portée du qualificatif

Qualifier un groupe de paraphylétique exige de préciser l’arbre et les descendants considérés. Une analyse limitée à quelques espèces ne décrit pas automatiquement toutes les ramifications d’un groupe plus vaste. Le diagnostic peut évoluer avec l’échantillonnage ou l’hypothèse de branchement.

Le terme ne mesure ni une diversité écologique ni une valeur de conservation. Il décrit une relation d’inclusion et d’exclusion entre lignées. Un ensemble peut rester utile dans un vocabulaire morphologique ou historique tout en ne constituant pas un clade dans la classification phylogénétique retenue.