Monophylie
La monophylie est la propriété d’un groupe qui comprend un ancêtre commun et tous ses descendants. En systématique phylogénétique, un tel groupe correspond à un clade. La monophylie exprime donc une hypothèse de parenté fondée sur un arbre phylogénétique ; elle ne se déduit ni d’une ressemblance générale ni du rang taxonomique attribué au groupe.
Définition
Un groupe monophylétique peut être isolé sur un arbre en coupant une seule branche : il contient le nœud ancestral considéré et la totalité des lignées qui en descendent. Les clades sont emboîtés, de sorte qu’une même espèce appartient simultanément à plusieurs groupes monophylétiques de tailles différentes.
Un taxon nommé n’est pas automatiquement monophylétique. Sa composition constitue une hypothèse qui peut être testée avec des données anatomiques, développementales, paléontologiques ou moléculaires. Lorsqu’une analyse robuste montre qu’un taxon exclut certains descendants de son ancêtre, il est paraphylétique. S’il rassemble des lignées sans inclure leur ancêtre commun pertinent, il est polyphylétique.
Mise en évidence
Les relations sont estimées par une analyse phylogénétique. Une synapomorphie, c’est-à-dire un caractère dérivé partagé et hérité d’un ancêtre commun, peut soutenir la monophylie. Les séquences moléculaires fournissent d’autres caractères, mais aucun caractère isolé ne garantit à lui seul la validité d’un clade.
Le soutien dépend de l’échantillonnage des espèces et des caractères, du modèle d’évolution et de la méthode d’inférence. Une monophylie fortement soutenue dans une étude peut être remise en cause lorsque de nouveaux taxons, fossiles ou marqueurs sont analysés.
Portée taxonomique
La systématique phylogénétique privilégie les groupes monophylétiques parce qu’ils rendent la classification cohérente avec l’hypothèse de parenté retenue. Cela ne signifie pas que les noms historiques non monophylétiques disparaissent de tous les usages : certains restent employés de manière descriptive, mais leur portée doit alors être explicitée.
Références
- Wiley E. O. et Lieberman B. S. (2011). Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics, 2e éd. Wiley-Blackwell. https://doi.org/10.1002/9781118017883
- Cantino P. D. et de Queiroz K. (2020). International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode), version 6. CRC Press. https://doi.org/10.1201/9780429446320