Clade

Un clade est un groupe d’organismes comprenant un ancêtre commun et tous ses descendants, actuels ou éteints. Cette unité de parenté évolutive, par définition monophylétique, sert à formuler et tester des hypothèses phylogénétiques. Un clade peut correspondre à un taxon nommé de rang classique, mais il n’est pas lui-même limité à un rang donné.

Définition et portée

Sur une représentation de la phylogénie, un clade comprend une branche issue d’un ancêtre et toutes les branches qui en descendent. Les clades sont emboîtés : une espèce appartient simultanément à plusieurs clades de tailles différentes. Il n’est pas nécessaire que chacun possède un nom officiel.

Un taxon de la classification traditionnelle constitue un clade seulement s’il inclut tous les descendants de son ancêtre commun. Un groupe paraphylétique en exclut au moins une lignée descendante. Un assemblage polyphylétique réunit des organismes sans inclure leur ancêtre commun pertinent. Une ressemblance morphologique ou écologique ne démontre donc pas, à elle seule, l’existence d’un clade.

Mise en évidence

Les clades sont inférés à partir de caractères comparables : anatomie, développement, fossiles ou séquences moléculaires. Des caractères dérivés partagés, appelés synapomorphies, peuvent soutenir une branche. La robustesse de l’hypothèse dépend toutefois de l’échantillonnage, de la qualité des données et de la méthode d’analyse.

Un cladogramme représente l’ordre des branchements retenu par une analyse. Ses nœuds internes figurent des ancêtres communs inférés ; ils ne désignent généralement pas une espèce ancestrale identifiée. Sauf indication contraire, la longueur d’une branche ne mesure ni le temps écoulé ni la quantité de changement évolutif.

Clade et nomenclature

Les rangs comme ordre, famille ou genre indiquent une position dans une hiérarchie nomenclaturale. Un clade décrit avant tout une relation d’ascendance. Le Code international de nomenclature phylogénétique, ou PhyloCode, permet d’associer un nom à un clade au moyen d’une définition fondée explicitement sur la parenté. Il complète les codes fondés sur les rangs plutôt qu’il ne les remplace.

Comme toute hypothèse phylogénétique, la composition reconnue d’un clade peut changer avec de nouvelles données. Ce changement ne signifie pas que la notion de clade varie, mais que l’hypothèse sur les relations entre organismes a été réévaluée.

Références

• Cantino P. D. et de Queiroz K. (2020). International Code of Phylogenetic Nomenclature (PhyloCode), version 6. CRC Press. https://doi.org/10.1201/9780429446320 ; version officielle en ligne
• Wong M.-K. et Chen W.-J. (2024). « Exploring the phylogeny and depth evolution of cusk eels and their relatives (Ophidiiformes: Ophidioidei) ». Molecular Phylogenetics and Evolution, 199, 108164. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2024.108164