Polyphylie

La polyphylie est la propriété d’un groupe qui réunit des organismes appartenant à plusieurs lignées sans inclure leur ancêtre commun pertinent. Un tel assemblage ne correspond pas à un clade. Il résulte souvent d’un classement fondé sur une ressemblance apparue indépendamment, une fonction commune ou une information phylogénétique devenue obsolète.

Définition

Sur un arbre enraciné, les membres d’un groupe polyphylétique se trouvent sur des branches distinctes, tandis que leur ancêtre commun pertinent et d’autres descendants sont exclus du groupe. La paraphylie inclut au contraire cet ancêtre mais omet certains de ses descendants. Un groupe monophylétique comprend l’ancêtre et tous ses descendants.

Origine des regroupements

Une ressemblance adaptative peut apparaître séparément chez des lignées soumises à des contraintes comparables. Cette convergence constitue une homoplasie lorsqu’un caractère semblable n’est pas hérité du même ancêtre dans le contexte analysé. Classer les organismes sur ce seul caractère peut produire un groupe polyphylétique.

Des assemblages peuvent aussi naître d’une définition écologique ou fonctionnelle, par exemple lorsqu’un même mode de vie a plusieurs origines. Ces catégories restent utiles dans leur domaine, mais ne constituent pas pour autant des clades.

Mise en évidence et révision

La polyphylie est évaluée à partir d’une hypothèse phylogénétique enracinée. Sa reconnaissance dépend donc des taxons inclus, des caractères disponibles et de la méthode d’analyse. De nouvelles données peuvent montrer qu’un taxon supposé naturel rassemble en réalité plusieurs lignées indépendantes.

Une classification phylogénétique corrige généralement cette situation en répartissant les membres entre les clades auxquels ils appartiennent. Un nom polyphylétique peut néanmoins subsister comme catégorie descriptive ; il désigne alors une ressemblance, une fonction ou un milieu partagé plutôt qu’une origine évolutive unique.