Flore

La flore est l’ensemble des taxons végétaux présents dans un territoire, un milieu ou une période donnés, ainsi que l’ouvrage qui les inventorie et permet souvent leur identification. Elle ne se limite pas aux plantes à fleurs : selon le périmètre adopté, elle peut inclure fougères, mousses ou algues. En microbiologie, « flore » est un terme historique auquel « microbiote » est aujourd’hui préféré.

Un inventaire défini par son périmètre

Une flore régionale rassemble les espèces observées dans une aire géographique ; une flore aquatique cible les végétaux et, selon les conventions, certains groupes d’algues liés aux eaux douces, saumâtres ou marines. Le résultat dépend de la période, de l’effort d’inventaire et du groupe taxonomique retenu. La flore se distingue de la végétation, qui décrit davantage l’organisation, l’abondance et la physionomie des communautés végétales.

Les macrophytes submergés, flottants ou émergents structurent des habitats, modifient localement la lumière et les écoulements et fournissent des supports à de nombreux organismes. Leur présence ne suffit cependant pas à décrire tout l’écosystème : phytoplancton, microorganismes, animaux et conditions physicochimiques relèvent d’autres compartiments.

« Flore bactérienne » et microbiote

Les bactéries et archées ne sont pas des plantes. L’expression ancienne « flore bactérienne » désigne en pratique une communauté microbienne associée à un habitat, un animal ou un dispositif ; le terme microbiote évite cette confusion taxonomique. Un microbiote peut participer à la nitrification, à la dénitrification, à la dégradation de matière organique ou à d’autres transformations, selon les organismes et les conditions présentes.

Ces processus ne conduisent pas tous au même bilan azoté. La nitrification transforme l’ammonium en nitrite puis en nitrate, tandis que la dénitrification peut convertir le nitrate en formes gazeuses dans des conditions adaptées. Une communauté bactérienne ne « supprime » donc pas automatiquement les nitrates. Dans un aquarium ou un élevage, le résultat dépend du support, de l’oxygène, du carbone disponible, du débit et des exportations hors du système.